Koalaların neslinin tükenmesini önleme çabalarında araştırmacılara, bilim insanlarına ve doğa korumacılara yardımcı olmak amacıyla 450 koala genomu Amazon Web Services'te ücretsiz olarak sunulacak.
Sidney Üniversitesi (USyd), koala koruma çalışmalarını hızlandırmak amacıyla Amazon ile iş birliği yaptı Web Hizmetleri, bulut tabanlı bir koala genomu oluşturarak 450 koalanın genom verilerini demokratikleştirecek kütüphane.
USyd başlangıçta 96 dizili koala genomunu erişilebilir hale getirdi. Bu, bu yıl kullanıma sunulacak 450 koala genomunun birkaç partisinden ilki olacak.
USyd için araştırma verilerini demokratikleştirmenin amacı, araştırmacıların bilim adamları ve doğa koruma uzmanlarıyla birlikte çalışarak araştırma içgörülerini paylaşabilmelerini sağlamaktır. genom verilerinin işlenmesi ve analiz edilmesi çoğu zaman zaman alabileceğinden, daha önce mümkün olmayan bir şey, bulguları daha hızlı uygulamak ve çözümleri daha hızlı uygulamaktır. yıllar.
USyd Australasian Wildlife Genomics Group araştırma müdürü Dr Carolyn Hogg, "Koala nüfusunu korumanın en iyi yolu genellikle ağaçlarını kesmeyi bırakmaktır" dedi.
"Fakat çoğumuz 'bunu yapmayı bırakalım' demek istesek de gerçekçi olmalıyız. Gelişimi durduramayız. Bu sorunlara çoklu, yaratıcı çözümler bulmamız ve 90'larda geliştirdiğimiz araçlara takılıp kalmamamız gerekiyor."
Verilerin araştırmacıların koala türlerinin çeşitliliğini karşılaştırıp anlamalarına yardımcı olabileceğini ekledi.
Hogg, "Queensland'deki koalalar biraz daha küçük ve daha kahverengi renkte olma eğilimindeyken, Victoria'daki koalalar daha büyük, gri ve kabarık olma eğilimindedir" dedi.
"Varyasyon düzeyi birçok bilim insanının iki ayrı koala türü olabileceğine inanmasına yol açmıştı, ta ki koala referans genomu dizilenip bunun yanlış olduğu kanıtlanana kadar.
"Bu yeni, daha geniş genom veri setini oluşturmak, 'Batıda yaşayan koalaların aşağıdaki gibi gen varyantları var mı?' gibi sorular sormaya başlamamıza olanak tanıyor. daha soğuk ve yağışlı olan doğu kıyısını görmüyoruz - aynı şekilde bu genler iklimle mücadelede potansiyel olarak önemlidir değiştirmek?'"
Üniversite ile AWS arasındaki çalışma, AWS Açık Veri sponsorluk programının bir parçasıdır. Program kapsamında AWS, bilim camiası için yüksek değere sahip veri kümelerinin depolama maliyetini karşılayacak ve bu kümelerin bulutta erişilip analiz edilmesini sağlayacak.
Federal hükümet ve Yeni Güney Galler hükümetinin desteğini alan proje, USyd'in daha önce yaptığı koala genom dizileme çalışmasına dayanıyor. 2018 yılında gerçekleştirilen.
Ancak genom dizilimi için AWS bulutundan yararlanmak USyd için yeni değil. Geçen yıl Hogg aynı zamanda genomik araştırma sorumluluğunu da üstlendi. Tazmanya canavarının neslinin tükenmesini önlemek.
Her iki proje de Hogg'un liderliğini yaptığı USyd'in Tehdit Altındaki Türler Girişimi kapsamına giriyor. Mayıs 2020'de başlatılan proje, 62 tür için kaynak oluşturdu ve bunların tümü sonunda AWS Açık Veri sponsorluk programında mevcut olacak.
Hogg, "AWS ile çalışmaya başladım çünkü çok fazla veriye sahiptim ve bunları şirket içi BT sistemlerini kullanarak verimli bir şekilde işleyemiyordum" dedi. "AWS'yi kullanarak veri analizini 10 günden yalnızca beş saate indirmeyi başardık. Bulutta çalışmanın gücünü fark ettiğimde bu beni biyoloji alanımın ötesine geçmeye ve diğer uzmanlık alanlarında çalışan insanları bulmaya teşvik etti."
Diğer koala koruma çalışmaları şu anda yürütülmektedir. Güney Avustralya Ve QueenslandHer ikisi de her eyalette hayatta kalan koalaların sayısı hakkında daha doğru tahminler sağlamaya yardımcı olmak için drone kullanıyor.
İLGİLİ KAPSAM
- Murdoch Üniversitesi bilim adamları, dugongları araştırmak için ızgara sistemi drone tekniğini geliştirdi
- Vatandaş bilim insanları Büyük Bariyer Resifi'ni analiz ederken küçük bir çabayla ölçeklerini büyütüyorlar
- Avustralyalı Ceres Tag, hayvancılığı IoT cihazlarına dönüştürüyor
- Yaban Hayatı İzleme ve Kara Mambalar: Hayvanları korumak için akıllı telefonların ve video akışlarının kullanılması